1. gyakorlat összefoglaló

Bemutatkozás

A félév menete és a követelmények ismertetése

  • a gyakorlatokon a http://rosalind.info oldalon lévő illetve más bioinformatikai problémákat fogunk megoldani, lesznek házi feladatok is
  • a feladatokat megoldó programokat, módszereket össze kell gyűjteni egy dokumentumba, feladatonként rendezve
  • év végén ebbe a dokumentumba kérdezünk bele, ellenőrizve, hogy tényleg te oldottad meg a feladatokat
  • a jegy az órai és házi feladatnak kitűzött (az óraösszefoglalókban pirossal jelölve) sikeresen és önállóan megoldott feladatok alapján és az órai munka alapján kerül kiszámításra
  • a gyakorlat teljesítéséhez alapkövetelmény, hogy legalább a 3. héten regisztrálj a Rosalindra és folyamatosan haladj az órai illetve a házi feladatokkal

Regisztráció a rosalind.info oldalra

  • fontos: ország beállítása Hungary-re
  • ismerkedés a Rosalinddal (About)

Ismerkedés PuTTY programmal


Regisztráció a belső szerverünkre, ismerkedés a Linux terminállal

  • cluster.cs.elte.hu
  • login név: ugyanaz mint a Rosalindon
  • 2016. február 1-jén töröljöm a hozzáférést
  • jelszó módosítás: passwd
  • parancskiegészítés: tab
  • parancsosoros szövegszerkesztők: vim, mcedit

  • ls, ls -hal, man

  • könyvtáram láthatatlanná tétele mások számára: chmod 700 ../kcsaba

  • mkdir, cd, cd .., mv

  • Linux tutorial: http://www.ee.surrey.ac.uk/Teaching/Unix/unixintro.html

Vim

  • fájl létrehozás/szerkesztés: vim fajlnev
  • vigyázat: először parancssoros módba kerülsz, még nem tudsz szöveget bevinni, csak parancsokat adni
  • szövegbeíró mód (insert mód): i
  • kilépés az insert módból: esc
  • kilépés a programból mentéssel (parancsmódban): :wq
  • mindenkép kilép :q!, Csak mentés :w
  • sor végére ugrás: end
  • sor törlés: ctr+u

1. Órai feladat: Rosalind: INI1 – Installing Python

  • kapcsolódó tananyag

2. Órai feladat: Rosalind: INI2 – Variables and Some Arithmetic

  • kapcsolódó tananyag

Két érdekes videó