Bioinformatika GY

Alap infók:

  • Tágykód: bioinf1u0um17gm
  • Időpont: 2017/2018. tavaszi félév, kedd 14:00-15:30
  • Helyszín: ELTE Lágymányosi Campus, Déli épület, 3-114.
  • Gyakorlatvezető: Varga Bálint
  • Kapcsolat: balorkany@gmail.com

Aktuális információk:

A gyakorlat anyagai a cluster.cs.elte.hu szerveren, a /home/data/vodor1 könyvtárban érhetők el.
A belépéshez szükséges felhasználónevet és jelszót a Neptun-on keresztül küldtük szét.

Belépéshez emlékeztető:
A szerverre az ssh protokol használatával, ssh kliens segítségével tudunk belépni.

  • UNIX alapú rendszerről (Linux disztribúciók, pl. ubuntu) az ssh program segítségével:
    ssh user@cluster.cs.elte.hu
  • Windows-ról: PuTTY vagy MobaXTerm segítségével, hostname: cluster.cs.elte.hu

2016/2017 tavaszi félévi összefoglalók:

  • 1. gyakorlat: A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/1_bioinformatika_gy_16172.pdf
  • 2. gyakorlat: A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/2_bioinformatika_gy_16172.pdf
  • 3. gyakorlat: A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/3_bioinformatika_gy_16172.pdf
  • 4. gyakorlat: A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/4_bioinformatika_gy_16172.pdf
  • 5. gyakorlat: A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/5_bioinformatika_gy_16172.pdf
  • 6. gyakorlat: A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/6_bioinformatika_gy_16172.pdf
  • 7. gyakorlat: A 6. gyakorlat házi feladatát kezdtük el. Nem volt új dia.
  • 8. gyakorlat: A 6. gyakorlat házi feladatát kezdtük el. Nem volt új dia.

2016/2017 őszi félévi összefoglalók:

  • 1. gyakorlat: Rosalind INI1, Rosalind INI2. A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/1_bioinformatika_gy_16171.pdf
  • 2. gyakorlat: Linux parancssor. A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/2_bioinformatika_gy_16171.pdf
  • 3. gyakorlat: Rosalind INI3, Rosalind INI4. Dia nem volt.
  • 4. gyakorlat: Rosalind INI5, Rosalind INI6, Rosalind DNA. HF: Rosalind RNA, Rosalind REVC. Dia nem volt.
  • 5. gyakorlat: Rosalind GC, Rosalind PROT. HF: Rosalind HAMM, Rosalind SUBS. Dia nem volt.
  • 6. gyakorlat: Rosalind INI, Rosalind DBPR. HF: Rosalind FRMT. A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/6_bioinformatika_gy_16171.pdf
  • 7. gyakorlat: HF: MSP Finder. A pontos leírás a dián, ami a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/7_bioinformatika_gy_16171.pdf
  • 8. gyakorlat: HF: MyBlastn. A pontos leírás a dián, ami a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/8_bioinformatika_gy_16171.pdf
  • 9. gyakorlat: uaz mint az előző gyakorlaton
  • 10. gyakorlat: HF: BrainGraph. A pontos leírás a dián, ami a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/10_bioinformatika_gy_16171.pdf
  • 11. gyakorlat: Az előző feladatról beszéltünk, ami továbbra is HF. Jövő hétre várom a beadandókat emailben.

2015/2016 tavaszi félévi összefoglalók:

  • 1. gyakorlat: Rosalind INI1, Rosalind INI2. A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/1_bioinformatika_gy_15162.pdf
  • 2. gyakorlat: Linux parancssor, VIM, Python sztringek és listák. HF: Rosalind INI3. A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/2_bioinformatika_gy_15162.pdf
  • 3. gyakorlat: Rosalind INI4, Rosalind INI5. HF: Rosalind INI6. Dia most nem volt.
  • 4. gyakorlat: Rosalind DNA, Rosalind RNA, Rosalind REVC. HF: Rosalind PROT. Dia most nem volt.
  • 5. gyakorlat: Rosalind HAMM, Rosalind SUBS. HF: Rosalind GC. Dia nem volt.
  • 6. gyakorlat: Rosalind INI, Rosalind DBPR. HF: Rosalind FRMT. A dia a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/6_bioinformatika_gy_15162.pdf
  • 7. gyakorlat: HF: MSP Finder. A pontos leírás a dián, ami a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/7_bioinformatika_gy_15162.pdf
  • 8. gyakorlat: HF: MyBlastn. A pontos leírás a dián, ami a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/8_bioinformatika_gy_15162.pdf
  • 9. gyakorlat: HF: Adattáblázat generálása aging/non-aging fehérjék klasszifikációjához. A pontos leírás a dián, ami a cluster.cs.elte.hu szerveren van:/home/data/vodor2/bioinformatika_gyakorlatok/9_bioinformatika_gy_15162.pdf
  • 10. gyakorlat:Nem volt dia. Az előző két feladatról beszéltünk. HF sem volt és nem is lesz már ebben a félévben. Jövő hétre (esetleg két hét múlva) kérem az összefoglalókat.

2015/2016 őszi félévi összefoglalók:

2014/2015 tavaszi félévi összefoglalók: